1930
Les origines du Football Club de la Chapelle-des-Marais remontent à 1930, année de création du club de Saint-Corneille et de l’AS Camérun. Saint-Corneille représentait le bourg de la Chapelle, tandis que l’AS Camérun rassemblait les joueurs des villages de Camer et de Camerun. Quelques années plus tard, en 1947, le village de Mayun créa son propre club de football : l’US Mayun.
Le rapprochement géographique de ces trois clubs donna naissance à de nombreuses rivalités, donnant lieu à d’intenses derbys !
Cependant, pour former une structure plus solide, l’AS Camérun et l’US Mayun décidèrent de fusionner. Ainsi naquit, en 1972, l’Entente Sportive du Marais, fruit de l’alliance de ces deux entités.
Dix-sept ans plus tard, le 13 mai 1989, l’ESM (Entente Sportive du Marais) fusionna à son tour avec Saint-Corneille, donnant naissance au Football Club de la Chapelle-des-Marais !
Fort de son nouvel entraineur Jean-Claude Périnel ainsi que d’une équipe de pas moins de 76 dirigeants, le nouveau club, sous la présidence de Marcel Perraud, se veut d’envergure et doit gérer un effectif sans précédent de 340 licenciés.
Elle atteindra son plus haut niveau, la CFA2, en 2009.
1994
Après sa création, l’équipe A démarrera la saison 1989-1990 en Promotion d’Honneur. Elle remportera finalement le challenge de la meilleure attaque et décrochera son billet pour la Division Régionale d’Honneur 5 ans plus tard en 1994.
Dès l’année suivante, le club se hisse à la Deuxième place en DRH, puis accède à la Division Régionale Supérieure ; saison durant laquelle il remporte le championnat, le challenge José Aribas et réalise un sans-faute, lui permettant d’accéder à la Division d’Honneur !
1996-2008
Depuis cette promotion, le FCCM n’a jamais quitté la Division d’Honneur. Le club alterne entre saisons moyennes (9ᵉ en 1997, 11ᵉ en 1998, 9ᵉ en 2001) et saisons brillantes (2ᵉ en 1998, 2ᵉ en 1999, 3ᵉ en 2000 et 2003), remportant la Coupe de l’Atlantique en 2000, le Challenge José Aribas en 1998 et 2002, et s’illustrant en Coupe de France en atteignant les 64ᵉ de finale en 1998 et 2002.
Durant cette période, le club ne connut que deux entraîneurs : Jean-Claude Perinel (1989–2001) et Denis Calesse (2001–2010). En 2000, l’équipe B accéda pour la première fois à la DRH.
2008–2011
Cette saison vit le FCCM évoluer en CFA 2, devant un public nombreux à La Perrière, ravi de voir évoluer des solides équipes bretonnes (St-Malo, Concarneau) et des réserves professionnelles (Stade Brestois, EA Guingamp, Lorient FC, Stade Lavallois). Malgré un championnat très compétitif, le FCCM échoua de peu dans la lutte pour le maintien et retourna en Division d’Honneur. Cette année coïncida également avec le départ de l’entraîneur Denis Calesse.
La saison 2010–2011 marque un nouveau départ pour le FCCM, avec l’arrivée d’Olivier Allard (pour l’équipe première en DH) et d’André Breuval (pour l’équipe réserve). Saison de reconstruction, le FCCM assura son maintien dès les premières journées et termina à une honorable 6ᵉ place.